男主九年前执行任务时同伴不知所终，而木星附近的巨大方碑仍然吸引着世界两大巨头前去探索。苏联科学家邀请男主加入，想借助他的经验探索这个未知之谜。经过漫长旅行，飞船终于抵达木星，来到那个庞大的几何形方碑前，派出探索的两个飞艇都被莫名击毁，他们尝试修复之前遗留的美国飞船电脑，想探寻上次任务失败的原因。就在此时，男主曾经失踪的同事突然以魔幻的方式出现在他的船舱里，警告他赶紧离开。而此时万里之遥的地球，美苏两国事态不断升级，《交换:完美的邻居》3甚至上升到了军事摩擦的程度，战争一触即发。这给船上两国宇航员也造成了不小的压力。就在他们准备离开木星时，却惊讶的发现木星正在坍塌，而坍塌的中心点，《交换:完美的邻居》3是无数巨大的方碑，他们在木星爆炸的最后一瞬间离开木星轨道，之后他们看到，木星变成了一个新的太阳。这种造物之力让自大的地球人懂得敬畏之心。